Asignatura de formación especializada cuyo objetivo es capacitar al estudiante en la modelación computacional de sistemas a nivel atómico, con el fin de aportar a la solución de problemas y/o análisis de resultados en áreas tales como la nanotecnología y la termodinámica desde un enfoque fisicoquímico. La asignatura comprende simulaciones de química cuántica y de dinámica molecular, haciendo uso de diversos softwares disponibles en forma abierta y del uso de bases de datos experimentales (estructuras cristalinas, estructuras de proteínas, etc.) La asignatura requiere de conocimientos previos de física general y química orgánica. Los contenidos fisicoquímicos son introducidos en la medida que son requeridos para comprender el funcionamiento de las simulaciones y el alcance de los resultados de las simulaciones moleculares. La asignatura es de carácter práctico, hace uso de metodología de taller resolviendo diferentes módulos de trabajo con evaluaciones consistentes en configurar y desarrollar simulaciones moleculares y analizarlas. Se utilizan software de visualización y de simulación libres tales como: AVOGADRO, VESTA, ORCA, NAMD, VMD, entre otros.